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Dernière mise à jour : Mai 2021

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UMR Transfrontalière BioEcoAgro (www.bioecoagro.eu)

Thèse - L’effet du microbiote de la chicorée sur la composition de la plante

ÉTABLISSEMENT : Université de Lille

Laboratoire(s) de Rattachement : Unité Transfrontalière BioEcoAgro UMR 1158

Domaine scientifique, Spécialité : DS5 | Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie

Direction de thèse : Lucau-Danila Anca, MCF anca.lucau@univ-lille.fr

Co-direction : Hilbert Jean-Louis Prof, jean-louis.hilbert@univ-lille.fr

Drider Djamel, Prof, djamel.drider@univ-lille.fr

Siah Ali, Prof, ali.siah@junia.com

(Co)-financement(s) envisagé(s) : fonds propres (50%) obtenus, allocations de recherche régionales 2023 (50%) en cours

Titre de la thèse : L’effet du microbiote de la chicorée sur la composition de la plante

SUJET DE THESE
La chicorée industrielle (Cichorium intybus var. sativum) est reconnue comme aliment fonctionnel et différentes classes de molécules présentes dans la plante ont été identifiées comme responsables des effets bénéfiques sur la santé animale et humaine (Fouré et al., 2018 ; Pouille et al., 2020 ; Pouille et al., 2022). La composition chimique de la chicorée et de ses différentes denrées alimentaires peut varier en fonction du génotype et des conditions de culture. L’écosystème microbien associé à la plante est également susceptible d’influencer sa composition.
L’objectif du projet est d’identifier et quantifier les microorganismes associés à la chicorée industrielle et de trouver un lien avec sa composition phytochimique. Pour cela, le projet vise à analyser le microbiote de la rhizosphère, le microbiote endophyte de la racine et aussi celui associé aux graines de chicorée, par des méthodes de séquençage ciblé (16S et ITS) afin d’établir un lien avec la composition chimique de la plante. Cette composition sera suivie via des analyses métabolomiques. Plusieurs dispositifs expérimentaux seront mis en place pour évaluer la variabilité due à la station (propriétés et composition minéralogique du sol, conditions de stress hydrique, etc.) et au génotype (plusieurs variétés et génotypes seront testés ainsi que plusieurs stades de développement de la plante). Suite à la cartographie des taxons bactériens et fongiques, les microorganismes cultivables qui présentent un intérêt pour la production des substances bioactives, pour l’extraction des phosphates, pour la défense des plantes, la croissance et la résistance à la sècheresse, seront isolés et caractérisés pour proposer des solutions de biocontrôle et d’amélioration de la qualité alimentaire de la chicorée.

Date de recrutement envisagée : 01/10/ 2023

Contact :anca.lucau@univ-lille.fr

Profil du candidat :
- détenir un MSc en biologie moléculaire, biochimie ou autres disciplines connexes
- détenir des connaissances en analyses omiques
- être motivé(e) et passionné(e) par la recherche
- avoir un bon dossier académique et une bonne aptitude à l'écriture et rigueur scientifique
- être appliqué(e) dans son travail
- avoir une bonne capacité à communiquer et à travailler en équipe

Date limite pour la candidature : 01/05/2023