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La stratégie de Bioéconomie vise à une mobilisation accrue et durable de la Biomasse afin de garantir les besoins alimentaires et non alimentaires, tout en respectant la Biodiversité et l’Environnement et en diminuant la dépendance de ces activités vis-à-vis des ressources fossiles.

Ainsi, un grand nombre des activités de recherche développées au sein de l’UMR transfrontalière sont concernées par cette thématique. En effet, le pôle 1 est principalement axé sur l’étude des agrosystèmes innovants et la réponse des plantes à l’environnement, donc sur la production de la Biomasse. Le pôle 2 est quant à lui plutôt orienté sur l'obtention de biomolécules actives ou d’activités enzymatiques issues de la Biomasse végétale ou de microorganismes, donc sur les approches Biotechnologiques de la Bioéconomie. Enfin, certaines de ces biomolécules peuvent avoir des applications dans les secteurs de la cosmétique et de la santé et intéressent de ce fait le pôle 3 qui est en mesure d’évaluer leurs activités et leurs éventuelles toxicités.

Ainsi, l’axe transversal « Valorisation des Agroressources » a pour but d’assurer l’animation scientifique de l’UMR autour de la Bioéconomie et d’initier des échanges entre des chercheurs des trois pôles.